1953 yılında Watson ve Crick tarafından DNA molekülünün çifte sarmal yapısının keşfedilmesinden sonra, özellikle genetik mekanizmanın moleküler düzeyde işleyişini ortaya çıkartmak amacıyla, bu konudaki araştırmalar hızla çoğalmış ve bu çalışmalar sonucunda genetik şifrenin sırları yavaş yavaş çözülmeye başlamıştır. Örneğin, Üç RNA çeşitinin (mRNA, rRNA ve tRNA) ortaya çıkartılması (RNA çeşiti sayısı son zamanlarda 9’a çıkmıştır), genetik şifredeki mesajın mRNA ile ribozomlara taşındığının, mRNA’daki her üçlü baz grubunun (kodon) bir aminoasidi şifrelediğinin, hangi kodonun hangi aminoasit anlamına geldiğinin bulunması, genlerin fenotipteki etkilerini genetik şifreye göre spesifik bir protein molekülünün sentezlenmesi yoluyla gösterdiğinin saptanması, hep moleküler seviyedeki çalışmalar sonucunda gerçekleşmiştir.
Bilim insanları bununla yetinmeyip çeşitli organizmalarda ve özellikle insanda da genlerin yerlerini belirleyerek bu genlerin baz sıralarını dahi saptamışlardır. Bu hızlı çalışmaların sonucunda bugün genetik bilimi, bazı organizmaların genomundan genleri kesip çıkartarak başka bir organizmanın genomuna dahil edecek seviyeye ulaşmıştır.
İşte moleküler seviyedeki bu çalışmalar genetik bilim dalında bir alt bilim dalının doğmasına, yani Moleküler Genetiğin doğmasına sebep olmuştur. Kısaca Moleküler Genetiği, kalıtsal olayların moleküler düzeyde nedenlerini araştıran bir bilim dalı olarak tanımlayabiliriz. İnsanda kalıtsal hastalıkların sebeplerini ortaya koyup tedavisinin yapılması, bakterilerde antibiyotiklere dirençliliğin kısa zamanda gelişmesinin sebepleri, virüslerin sebep olduğu hastalıkların moleküler düzeyde anlaşılması ve buna göre tedavisinin yapılması, kanserin oluşmasının sebebi ve tedavisi, tarımda verimi yüksek ve kaliteli ürün veren bitki ve hayvanların başka organizmalardan gen transferi yoluyla elde edilmeye başlanması (GDO= Genetiği değiştirilmiş organizma) hep bu moleküler seviyedeki çalışmalar sonucu ortaya çıkartılmış ve çıkartılacaktır. Son otuz yılımızın hastalığı olan AIDS’in tedaviside bu tip çalışmalar sonucunda gerçekleşeceği muhakkaktır.
Moleküler genetik çalışmalar gen mühendisliği denilen yeni bir bilim dalının doğmasına da sebep olmuştur. 1970’li yıllarda Arber, Nathans ve Smith restriksiyon endonukleaz enzimlerini bulup rekombinant DNA teknolojisini geliştirerek gen mühendisliğinin yolunu açmışlardır (Araştırıcılar bu buluşlarıyla 1978 yılında Tıp ve Fizyoloji alanında Nobel ödülü almışlardır). Bu alandaki hızlı ilerlemeler yüzyılımızda bugün imkansız gibi görünen birçok gizleri aydınlığa kavuşturacak ve ümit ederim ki bu gelişmelerde insanlığa olumlu yönde hizmet edecektir.
1. BÖLÜM
MOLEKÜLER GENETİĞİN TARİHÇESİ
2. BÖLÜM
NUKLEİK ASİTLER
2.1 NUKLEİK ASİTLERİN KEŞFİ
3. BÖLÜM
DE(Z)OKSİRİBONUKLEİK ASİT (DNA)
3.1 DNA’NIN YAPISI
3.2 DNA MOLEKÜLÜNDEKİ BAZLARIN ORANI, DNA’NIN SPESİFİKLİĞİ VE GENETİK ŞİFRENİN YAZILMASI
3.3 DNA ÇİFTE SARMALIN YAPISI
3.4 DNA FORMLARI
3.5 DNA MOLEKÜLÜNÜN ‘’B’’ FORMUNUN YAPISININ TEMEL ÖZELLİKLERİ
3.6 DNA’NIN DENATURASYONU VE RENATURASYONU
3.6.1 Denatürasyon ve Renatürasyondan Pratikte Yararlanılması
3.7 DNA ÜZERİNDEKİ GENLERİN SAYISI, DNA UZUNLUĞU VE NUKLEOTİD SAYISI
3.8 CANLI SİSTEMLERDE BULUNAN GENETİK MATERYAL ÇEŞİTLERİ
3.8.1. Viroid’de Bulunan Kalıtsal Madde Tipi
3.8.2. Virüslerde Bulunan Kalıtsal Madde Tipleri
3.8.2.1 DNA Virüsleri
3.8.2.2 RNA Virüsleri
3.8.3 Prokaryotlarda Bulunan Kalıtsal Madde Tipleri
3.8.4 Eukaryotik Organizmalarda Bulunan Kalıtsal Madde Tipleri
3.8.4.1 Nukleus’da Bulunan Kalıtsal Madde Tipi
3.8.4.1.1 Eukaryotlarda Kromozomun Moleküler Organizasyonu
3.8.4.1.1.1 Histonlar
3.8.4.1.1.2 Nukleozom
3.8.4.1.1.3 Ultrastrüktür Yapı (Üst organize olmuş yapı)
3.8.4.1.1.4 Non-histon Proteinler
3.8.4.2 EukaryotikHücrelerdeEkstrakromozomal DNA’ lar
3.8.4.2.1 Mitokondrial DNA (mt DNA)
3.8.4.2.2 Kloroplast DNA (ctDNA yahut plastid DNA’sı = ptDNA)’sı
3.9 GENOMLARIN MOLEKÜL BÜYÜKLÜKLERİ43
3.10 GENOMLARININ SIRA DURUMU YÖNÜNDEN PROKARYOT VE EUKARYOTLARIN KARŞILAŞTIRILMASI
4. BÖLÜM
DNA REPLİKASYONU
4.1 SEMİKONSERVATİF REPLİKASYONUN BELİRLENMESİ
4.2 KOPYE MEKANİZMASININ SIHHATLİLİĞİ
4.3 DNA REPLİKASYONUNDA ROL OYNAYAN ENZİMLER
4.3.1 DNA Polimerazlar (Sistematik adı: Deoksinukleosidtrifosfat-DNA deoksinukleotidil transferaz)
4.3.1.1 Bakterilerdeki DNA Polimerazlar (E.coli’de)
4.3.1.2 Eukaryotik DNA polimerazlar
4.3.2 DNA Ligaz
4.3.3 Primaz
4.3.4 Dna B ve Dna C proteinlerinin rolleri: Primozom
4.3.5 Topoizomerazlar yahut Gyrazlar
4.3.6 Helikazlar
4.3.7 DNA’yı Parçalayan Enzimler
4.3.7.1 Endonukleazlar
4.3.7.1.1 Restriksiyon Endonukleazlar (RE)
4.3.7.2 Ekzonukleazlar
4.4 DNA REPLİKASYONUNUN OLUŞ MEKANİZMASI
4.4.1 Replikasyonun Moleküler Mekanizması ve Replikasyon Çatalı
4.4.2 E.coli’nin Replikasyon Aygıtının Komponentleri
4.5 REPLİKASYON TİPLERİ
4.5.1 Bakterilerdeki replikasyon tipi (Cairns yahut Theta tipi)
4.5.2 Eukaryotlardaki Replikasyon Tipi
4.5.2.1 Replikasyon Derecesinin Değişmesi
4.5.2.2 Telomer ve Telomeraz: Eukaryotlarda Kromozom Uçlarının Replikasyonu
4.5.3 Virüslerdeki Replikasyon Tipleri
4.5.3.1 M13 Fajında Replikasyon
4.5.3.2 ΦX174 Fajında Replikasyon (Döner halka yahut sigma tipi replikasyon)
4.5.3.3 Ilımlı Fajlarda Replikasyon
4.5.3.4 RNA Virüslerinde Replikasyon
4.5.3.5 Retrovirüslerde Replikasyon
4.5.4 Mitokondri DNA (mtDNA)’sının Replikasyonu
5. BÖLÜM
RİBONUKLEİK ASİT (RNA)
5.1 RNA MOLEKÜLÜNÜN YAPISI VE RNA ÇEŞİTLERİ
5.1.1 RNA Molekülünün Yapısı
5.1.2 RNA Çeşitleri
5.1.2.1 Protein Sentezinde Görev Yapan RNA’lar
5.1.2.1.1 Taşıyıcı (transfer) RNA (tRNA veya sRNA)
5.1.2.1.2 Ribozomal RNA (rRNA)
5.1.2.1.3 Messenger (haberci, elçi) RNA (mRNA)
5.1.2.2 Protein Sentezinin Dışında Görev Yapan RNA’lar
5.1.2.2.1 Küçük interferenz (müdahaleci) RNA
(small interferens RNA = siRNA veya RNAi = RNA interferenz)
5.1.2.2.2 Mikro RNA’lar (miRNA)
5.1.2.2.3 Küçük nukleolar RNA’lar (snoRNA)
5.1.2.2.4 Sinyali tanıyan protein (signal recognition protein) RNA’sı (SRP RNA’sı)
5.1.2.2.5 Küçük nuklear RNA (small nuclear RNA = snRNA)
5.1.2.2.6 CrRNA (CRISPR RNA = Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats =Düzenli aralıklarla
ayrılmış palindromik tekrarlı sıralar topluluğu NA’sı)
5.2 GEN ANLATIMI (EKSPRESYONU) VE TRANSKRİPSİYON (KOPYALAMA, GENİN KOPYASININ ÇIKARTILMASI)
5.2.1 Gen Anlatımı (Ekspresyonu)
5.2.2 Transkripsiyon
5.2.2.1 Bakterial RNA Polimerazlar
5.2.2.2 Eukaryotik RNA Polimerazlar
5.2.2.3 DNA’ nın Anlamlı İpliği ve Prokaryotlarda Transkripsiyon
5.2.2.3.1 Promoter (Destekleyici)
5.2.2.3.2 Transkripsiyonun Sona Ermesi
5.2.2.4 Eukaryotlarda Transkripsiyon
5.3 mRNA’NIN ÖMRÜ
5.4 PRİMER TRANSKRİPSİYON ÜRÜNÜ RNA’LARIN (PreRNA’ların) MODİFİKASYONU (İşlenmesi, Olgunlaşması, Değişikliği)
5.4.1 premRNA’ nın Modifikasyonu
5.4.1.1 Prokaryotlardaki Durum
5.4.1.2 Eukaryotlardaki Durum
5.4.2 PretRNA (yahut presRNA ‘’solubl RNA’’ )’nın Modifikasyonu
5.4.2.1 Prokaryotlarda pretRNA’nın Olgunlaşması
5.4.2.2 Eukaryotlarda pretRNA’nın Olgunlaşması
5.4.2.3 tRNA Molekülünün Primer Yapısı
5.4.2.4 tRNA Molekülünün Sekonder Yapısı = Yonca yaprağı şekli
5. 4. 3 PrerRNA’ın Modifikasyonu
5.4 3.1 Prokaryotlardaki Durum
5.4.3.2 Eukaryotlardaki Durum
5.4.3.2.1 rRNA genlerinin yeri ve sayısı
5.4.3.2.2 EukaryotlardakibüyükrRNA’ların transkripsiyonu ve olgunlaşması
5.4.3.2.3 5S’lik rRNA’nın transkripsiyonu ve modifikasyonu
5.4.4 rRNA ile Nukleolusun İlişkisi
6. BÖLÜM
GENETİK SÖZLÜK
6.1 GENETİK KODUN AÇIKLANMASI
6.1.1 Genetik Kodun Açıklanması ile İlgili Temel Deneyler
6.1.1.1 Suni Tripletler İle Yapılan Çalışmalar
6.1.1.2 Suni mRNA ile Yapılan Deneyler
6.2 GENETİK KODUN ÜNİVERSALLİĞİ
6.3 GENETİK KODUN DEJENERASYONU (SİNONİM KODONLAR)
6.4 ANTİKODON VE KODONUN KARŞILIKLI ETKİLEŞİMİNDEWOBBLE (sallanma, titreme, kararsızlık ) DURUMU
6.5 BAŞLANGIÇ KODONU
6.6 GENETİK KODUN KULLANMA SIKLIĞI
7. BÖLÜM
PROTEİN SENTEZİ (TRANSLASYON=ÇEVİRİ, TERCÜME
7.1 PROTEİN SENTEZİNDE ROL OYNAYAN MOLEKÜLLER, GÖREVLERİ VE RİBOZOM
7.1.1 RNA Moleküllerinin Protein Sentezindeki Görevleri
7.1.1.1 Messenger RNA (m-RNA)’nın Görevi
7.1.1.2 Ribozomal RNA (r-RNA)’nın Görevi
7.1.1.3 Transfer ( taşıyıcı) RNA (t-RNA)’nın Görevi
7.1.2 Adenozin trifosfat (ATP)
7.1.3 Guanozin trifosfat (GTP)
7.1.4 Magnezyum (Mg++ )
7.1.5 Aminoasil tRNA Sentetaz (Amino asil ligaz)
7.1.6 Protein sentezinin başlaması (inisiyasyon), devam etmesi (elongasyon)
ve bitmesinde (terminasyon) rol oynayan protein faktörler
7.1.7 Aminoasitler
7.1.8 Ribozom
7.1.8.1 Ribozomların Kimyasal Bileşimi
7.1.8.2 Ribozom Morfolojisi
7.1.9 Peptidil Transferaz Enzimi
7.2 PROTEİN MOLEKÜLÜNÜN BİYOSENTEZİ
7.2.1 Prokaryotlarda Translasyon
7.2.1.1 İnisiasyon (Sentezin başlaması)
7.2.1.1.1 Bakterilerdeki İnisiatör tRNA
7.2.1.1.2 İnisiasyon Kompleksi
7.2.1.2 Elongasyon (Zincirin uzaması)
7.2.1.3 Protein Sentezinin Terminasyonu (Protein sentezinin sona ermesi)
7.2.2 Eukaryotlarda Translasyon
7.2.2.1 İnisiasyon (Sentezin başlaması)
7.2.2.1.1 EukaryotikHücrelerde BaşlatıcıtRNA (İnisiatör tRNA =tRNAi)
7.2.2.1.2 İnisiasyon Kompleksinin Oluşması
7.2.2.2 Elongasyon
7.2.2.3 Terminasyon
7.3 EUKARYOTİK HÜCREDE PROTEİN SENTEZİNİN HÜCRE İÇİ ORGANİZASYONU
7.4 PROTEİN SENTEZİ HAKKINDA GENEL AÇIKLAMALAR
7.5 POLİPEPTİD ZİNCİRİNDE POSTTRANSLASYONEL (TRANSLASYON SONRASI) DEĞİŞİKLİKLER
7.5.1 Proteinin Katlanması ve İşlenmesi
7.5.1.1 Şaperonlar ve Protein Katlanması
7.5.1.2 Enzimler ve Proteinlerin Katlanması
7. 6 SENTEZLENEN PROTEİNİN GÖREVİ
8. BÖLÜM
PROTEİN
8.1 PROTEİN MOLEKÜLÜ
8.2 PROTEİN MOLEKÜLÜ İÇERİSİNDE YER ALAN AMİNOASİTLER ARASINDA OLUŞAN BAĞLAR
8.2.1 Disulfit Bağları
8.2.2 Hidrojen Bağları
8.2.3 İyon Bağları
8.2.4 Apolar yahut Hidrofob Bağı
8.3 PROTEİN MOLEKÜLÜNÜN YAPISI
8.3.1 Primer Strüktür (Primer Yapı)
8.3.2 Sekonder Yapı: a - Heliks ve Katlanmış Yaprak Yapısı
8.3.3 Tersier Yapı (Mekansal Asimetri)
8.3.4 Kuaterner Yapı
8.4 PROTEİNİN ELEKTRİK YÜKÜ
9. BÖLÜM
EUKARYOTLARDA HÜCRE İÇERİSİNDE MOLEKÜL TAŞINMASI
9.1 PROTEİNLERİN NÜKLEUSA VE NÜKLEUSDAN SİTOPLAZMAYA SEÇİLİ TAŞINIMI
9.2 NÜKLEUSA PROTEİN ALIMININ DÜZENLENMESİ
9.3 RNA’LARIN TAŞINMASI
10. BÖLÜM
MUTASYONLAR: OLUŞMASI, TAMİR EDİLMESİ VE BASTIRILMASI (SUPPRESSİON)
10.1 MUTASYON ÇEŞİTLERİ
10.1.1 Genom Mutasyonu
10.1.1.1 Euploidi
10.1.1.2 Aneuploidi
10.1.2 Kromozom Mutasyonu (Kromozomlarda Yapı ve Şekil Değişmesi)
10.1.3 Gen Mutasyonları
10.1.3.1 Nokta Mutasyonu
10.1.3.1.1 Transisyon Tipi Nokta Mutasyonu
10.1.3.1.2 Transversiyon Tipi Nokta Mutasyonu
10.1.3.1.3 Protein Genindeki Nokta Mutasyonu Tipleri
10.1.3.2 Çerçeve Kayması Mutasyonu
10.1.4 Gen Mutasyonlarının Derecesi
10.1.5 Mutasyonun Fazla Olduğu Bölgeler (Sıcak noktalar = Hot spots)
10.1.6 Mutasyonların Yönlendirilmesi
10.1.7 DNA Zararlarının Onarılması (DNA’nın tamiri) ve Gen Mutasyonlarının Baskılanması (Suppresyonu)
10.1.7.1 DNA Zararlarının Onarılması (DNA’nın tamiri)
10.1.7.1.1 UV Zararlarının Tamiri
10.1.7.1.2 Olağan Dışı Nukleotidlerin Yapıdan Çıkartılması Sayesinde DNA Zararlarının Onarılması
10.1.7.1.3 O6-Metilguanin-DNA Transferaz ile Tamir
10.1.7.2 Gen Mutasyonlarının Baskılanması (Suppresyonu)
10.1.7.2.1 Anlamsız Kodonların Baskılanması
10.1.7.2.2 Yanlış Anlamlı (Missense) Mutasyonların Baskılanması (Suppresyonu)
10.1.7.2.3 Çerçeve Kayması Mutasyonun (İng. Frame shift mutation; Alm. Leser aster mutation) Baskılanması (Suppresyonu)
10.1.8 Doğal ve Endüstriyel Çevredeki Mutajenlerin ve
Kanserojenlerin Kısa Süreli Testlerle Saptanması
11. BÖLÜM
GENOMDAKİ GENLERİN DÜZENLERİ VE GENLERİN DÜZENİNDEKİ DEĞİŞMELER
11.1 REKOMBİNASYON
11.1.1 Eukaryotlarda Rekombinasyon
11.1.1.1 Krossingover ile Rekombinasyon (İntrakromozomal Rekombinasyon)
11.1.1.1.1 Kromozom Haritaları
11.1.1.1.2 Homolog Olmayan Kromozom Parçaları Arasında Krossingover
11.1.1.1.3 Eukaryotlarda Krossingoverin Moleküler Mekanizması
11.1.1.2 Metafaz 1’de Bivalentlerin Ekvatoral Tablada Bağımsız Dizilmeleri ve Anafaz I’de Homolog Kromozomların
Kutuplara Bağımsız Çekilmesiyle Oluşan Rekombinasyon (İnterkromozomal Rekombinasyon)
11.1.2 Virüslerde Rekombinasyon
11.1.2.1 Fajlarda Genler Arası Rekombinasyon ve Faj Genomunun Haritalanması
11.1.2.2 Rekombinasyonun Homolog Bölgeler Arasında Olduğunun Gösterilmesi
11.1.3 Bakterilerde Rekombinasyon
11.1.3.1 Konjugasyon Yoluyla Rekombinasyon
11.1.3.1.1 F-Plasmidi
11.1.3.1.2 Konjugasyonun Oluşması
11.1.3.1.3 Eşleşmenin Kesilmesiyle Gen Haritalarının Çıkartılması
11.1.3.1.4 KonjugasyonsırasındaHfr’den F- Bakterisine DNA Parçasının (gen) Aktarımının Mekanizması
11.1.3.2 Transdüksiyon Yoluyla Rekombinasyon
11.1.3.2.1 Lederberg-Zinder Deneyi
11.1.3.2.2 Transdüksiyon Çeşitleri
11.1.3.3 Transformasyon Yoluyla Rekombinasyon
11.1.3.3.1 Transformasyon Yardımı İle Gen Haritalaması
11.1.3.4 Bakterilerde Rekombinasyon Enzimleri
11.1.3.4.1 rec A proteini
11.1.3.4.2 rec BC nukleazlar
11.2 BAKTERİ HÜCRELERİNDEKİ PLAZMİDLER
11.2.1 F Plazmidi
11.2.2 Direnç plazmidleri
11.2.3 Diğer Plazmidler
11.3 HAREKETLİ GENETİK ELEMANLAR:İnsersiyonlar, Transpozonlar, Mu fajları ve Eukaryotlarda Hareketli Genetik Elemanlar
11.3.1 Bakterilerde Hareketli Genetik Elemanlar
11.3.1.1 İnsersiyon Sıralar (Is-Elementleri)
11.3.1.2 Transpozonlar (Tn elementleri)
11.3.1.2.1 1.ci Sınıf Transpozonlar: Tn5 transpozonu
11.3.1.2.2 2.ci Sınıf Transpozon: Tn3 Transpozonu
11.3.2 Mu Bakteriyofajları
11.3.3 Transpozisyonun Moleküler Mekanizması
11.3.4 Eukaryotlarda Hareketli Genetik Elemanlar
11.3.4.1 Mısırda Hareketli Genetik Elementler
11.3.4.2 Bezelye’de Hareketli Genetik Elementler
11.3.4.3 Drosophila’da Hareketli Genetik Elementler
11.3.4.4 İnsanda Hareketli Genetik Elementler
11.4 VERTEBRATALARDA (Omurgalılarda) TRANSDÜKSİYON, Retrovirüsler ve Onkogenler
11.4.1 Retrovirüsler
11.4.1.1 Virüsün Yapısı ve Çoğalma Yolu
11.4.1.2 Retrovirüsler Vasıtasıyla Gerçekleşen Transdüksiyon ve Kanser Oluşumu
BÖLÜM 12
PROKARYOTLARDA GENİN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU (Gen Anlatımının Düzenlenmesi)
12.1 PROKARYOTLARDAKİ GENLERİN ÇALIŞMASININREGÜLASYONU İLE İLGİLİ GENEL AÇIKLAMALAR
12.2 RİBOZOMAL RNA GENLERİ VE ONLARIN ÇALIŞMASINI REGÜLASYONU
12.2.1 Stringent Regülasyon (Sıkı regülasyon, zor şartlardaki regülasyon)
12.3 RİBOZOMAL PROTEİN GENLERİNİN YAPISI VE ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU
12.4 E.COLI’DE Lac OPERONUNUN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU
12.4.1 E.coli’deki lac Operonu İle İlgili Temel Çalışma
12.4.2 Lac Operonu
12.4.2.1 Lac Operonuİçinde Yer Alan Strüktürel GenÜrünleri
12.4.2.2 Değişik Gen Regülasyonlu Mutantlar
12.4.3 Lac Operonun Çalışmasının Regülasyonu
12.4.4 I - Regülatör Geninde ve Lac Operonunda Oluşan Mutasyona Sahip Bakteri Kolonilerinin Basit Yolla Belirlenmesinde Kullanılan İndükatör Reaksiyonlar (Renk Reaksiyonları)
12.4.4.1 Neutralkırmızı + KristalViyole Metodu (Mc Conkey agar)
12.4.4.2 X gal (5-Brom-4-chlor-3-indolyl--D-galaktosid) Metodu
12.4.5 Lac Repressörü
12.4.5.1 I geni: Promoter Yapısı ve Transkripsiyon Sıklığı
12.4.5.2 Operatör ile Repressör’ün Karşılıklı Etkileşimi
12.4.6 Katabolit Repressör: Lac Operonunun Pozitif Kontrolü
12.4.7 Kontrol Elementleri Hakkında Özet Bilgiler
12.5 POZİTİF KONTROL: ARABİNOZ OPERONU VE ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ
12.6 TRİPTOFAN OPERONUNUN ORGANİZASYONU VE ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ
12.6.1 Baskılayıcı Sistem ile Trp-Operonunun Çalışmasının Düzenlenmesi
12.6.2 Attenüasyon (Duraklama) ile Trp-operonunun Çalışmasının Düzenlenmesi
12.7 HİSTİDİN VE DİĞER AMİNOASİTLERİN SENTEZİ İLE İLGİLİ GENLERİN ÇALIŞMASININ ATENÜASYONLA (DURAKLAMAYLA) DÜZENLENMESİ
12.8 BAKTERİLERDE GENİN ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ HAKKINDA ÖZET AÇIKLAMALAR
BÖLÜM 13
VİRÜSLERDE GENİN ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU VE KONAK HÜCREDE YENİ VİRÜSLERİN OLUŞMASI
13.1 LAMDA BAKTERİOFAJININ GENETİK AKTİVİTESİNİN REGÜLASYONU
13.1.1 Lamda Genomu
13.1.1.1 Lamda Genomunda Yer Alan Genlerin Ürünlerinin Görevleri
13.1.2 Faj Genomunun Kontrol Elementleri
13.1.3 Halka Şeklindeki Faj DNA’sı Üstündeki Başka Karakteristik Noktalar
13.1.4 Erken Transkripsiyon
13.1.5 Litik İnfeksiyon Yolu
13.1.6 Lamda DNA’sının Replikasyonu
13.1.7 Faj Partiküllerinin Morfogenezi
13.1.7.1 Başın Oluşması
13.1.7.2 Kuyruğun oluşması
13.1.8 Litik İnfeksiyon Yolunun Sonu
BÖLÜM 14
EUKARYOTİK GENLERİN YAPISI, GENLERİN EKSPRESYONU VE ÇALIŞMASININ REGÜLASYONU
14.1 Ribozomal RNA (rRNA) Genleri
14.1.1 rRNA Genlerinin Lokalizasyonu ve Sayısı
14.1.2 Nükleolus
14.1.3 Oositte rDNA’nın Amplifikasyonu
14.1.4 28S-, 18S- ve 5.8S’lik rRNA’ların Transkripsiyonu
14.1.5 5S’lik rDNA
14.1.5.1 5S’lik rDNA’ nın Organizasyonu
14.1.5.2 5 S’lik rRNA Genlerinin Transkripsiyonu ve Çalışmasının Regülasyonu
14.2 PROTEİN KODU TAŞIYAN GENLERİN YAPISI VE EKSPRESYONU
14.2.1 Globulin Genleri
14.2.2 Globulin mRNA’nın Sentezi ve Yapısı
14.2.3 Globulin Genlerinin Yapısı
14.2.4 Globulin Genlerinin Ekspresyonu
14.2.5 Globulin mRNA’nın IntronlarınınÇıkartılıpEksonlarının Birleştirilmesi, RNP Partikülleri ve Olgunlaşması
14.3 EUKARYOTİK CANLILARIN PROTEİN GENLERİNDE TRANSKRİPSİYONUN DÜZENLENMESİ
14.3.1 Transkripsiyonun başlaması ve kuvvetlendirici (Enhansır) DNA sıralarının transkripsiyona etkisi
14.4 PROTEİN GENLERİNİN ÇALIŞMASININ DÜZENLENMESİ
14.4.1 DNA Metilasyonu ile Gen Ekspresyonunun Düzenlenmesi
14.4.2 Steroid Hormonları Tarafından Gen Ekspresyonunun Düzenlenmesi (Regülasyonu)
14.4.3 Gen Amplifikasyonu ile Genin Çalışmasının Düzenlenmesi
14.4.4 Farklı İlmek (Splays) Reaksiyonu ile Genin Çalışmasının Düzenlenmesi
14.4.5 TranslasyonAşamasında Gen EkspresyonununDüzenlenmesi
14.4.6 mRNA’nınDüzeltilmesi (Editing) ile GeninÇalışmasının Düzenlenmesi
14.4.7 mRNA’nın Ömrü İle Bağlantılı Genin Çalışmasının Düzenlenmesi
14.4.8 mRNA’nın Şifresinin Okunmasının Düzenlenmesi İle Genin Çalışmasının Regülasyonu
BÖLÜM 15
MOLEKÜLER GENETİK VE TIP
15.1 TALASSEMİ’LER (THALASSAEMIE’LER)
15.1.1 α - Talassemi’ler
15.1.2 b - Talassemi’ler
15.2 KOLLAJEN GENLERİNİN YAPISI
15.3 İMMÜN SİSTEMİN (Bağışıklık Sisteminin) MOLEKÜLER GENETİĞİ
15.3.1 İmmünHücrelerin Farklılaşmasıİçin Temel Olan Genom Reorganizasyonu
15.3.2 Antijen Tarafından Hücre Klonlarının Seçilerek Uyarılması
15.3.3 İmmünglobulinlerin Yapısı
15.3.4 İki Gen Bir Protein
15.3.5 Ayrı Olan DNA Parçalarının Kombinasyonu Sayesinde Aktif Immünglobulin Genlerinin Meydana Gelmesi ve Antikorların Çeşitliliğinin Genetik Temeli
15.3.5.1 L Zincirinin (hafif zincirin) Genleri
15.3.5.2 H Zincirinin (ağır zincirin) Genleri
15.3.6 Gen Birleşmesinin Muhtemel Mekanizması ve V-Gen (değişken gen) Elementleri Civarındaki DNA Yapıları
15.3.7 Farklı İlmek Olayı: İstirahat Halindeki B-Lenfositlerinde H-Zincirlerinin Meydana Gelmesi
15.3.8 Aktive Edilmiş B-Lenfositlerinde Genetik Programın Değişmesi
BÖLÜM 16
EUKARYOTLARDA EKSTRAKROMOZOMAL DNA’lar
16.1 MİTOKONDRİLERİN GENOMU
16.1.1 MtDNA’nın Genetik Organizasyonu ve Gen Haritası
16.1.2 Kinetoplast DNA’sı
16.1.3 Mitokondri Genomu İle Nukleus Genomu Arasındaki İlişki
16.1.4 Mt DNA’nın Replikasyonu
16.1.5 Mt DNA’sının Transkripsiyonu
16.1.6 Mitokondride Genetik Kod
16.1.7 Mitokondrial DNA’ların Yapısal ve Büyüklük Farkları
16.2 KLOROPLAST DNA’SI (ctDNA veya Plastid DNA’sı=ptDNA)
16.3 BAKTERİ, MİTOKONDRİ, KLOROPLAST ARASINDAKİ GENETİK BENZERLİKLER, FİLOGENETİK İLİŞKİLER VEEUKARYOT HÜCREİLEORGANELLER ARASINDAKİ ENDOSİMBİONT İLİŞKİ
BÖLÜM 17
MOLEKÜLER GENETİK VE GENETİK MÜHENDİSLİĞİ
17.1 REKOMBİNANT DNA TEKNOLOJİSİ
17.1.1 Rekombinant DNA Teknolojisinde Kullanılan Enzimler
17.1.1.1 DNA’yı Sentezleyen Enzimler
17.1.1.2 DNA İpliklerini Birleştiren Enzimler
17.1.1.3 DNA’nın 5’ Ucunu Modifiye Eden Enzimler
17.1.1.4 DNA’yı Parçalayan Enzimler
17.1.2 Gen Klonlanması
17.1.2.1 Gen Taşıyan DNA’nın Elde Edilmesi
17.1.2.2 Genin Yerinin Belirlenmesi
17.1.2.3 Genin DNA Molekülünden Çıkartılması
17.1.2.4 Taşıyıcı (Vektör) DNA’nın Elde Edilmesi
17.1.2.5 Gen Taşıyan DNA Parçasının Vektör DNA’sı ile Birleştirilmesi
17.1.2.6 Genomik DNA ile Vektörden Oluşan Rekombinant DNA’nın Alıcı Hücreye Aktarılması
17.1.2.7 İstenilen Geni Taşıyan E.coli’lerin Seçimi
17.1.2.8 Son Ürünün Kontrolü
17.1.3 Gen Teknolojisi Yoluyla Başka Hücrelere Aktarılan İnsan GenininÜrünleri
17.1.4 EukaryotikHücre Vektörleri
17.1.4.1 Konakçı Maya Hücresi ve Vektörleri
17.1.4.2 Konakçı Bitki Hücresi ve Vektörü
17.1.4.3 Konakçı Hayvan Hücresi ve Vektörü
17.2 DNA MOLEKÜLÜNÜN BAZ SIRALARININ SAPTANMASI
17.2.1 Maxam-GilbertYöntemi
17.2.2 Sanger’in Dideoksi Metodu
17.3 MOLEKÜLER GENETİK YÖNTEMLERLE CANLILARIN FİLOGENETİK (AKRABALIK) İLİŞKİLERİNİN KURULMASI (MOLEKÜLER FİLOGENEZ)
17.3.1 RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism=Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi) Yöntemi
17.3.2 RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA = Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA) Yöntemi
17.3.3 AFLP (Çoğaltılmış Parça Uzunlukları Polimorfizmi = Amplified Fragment Length Polymorphism) Yöntemi
17.3.4 SSR (Simple Sequence Repeats = Basit Dizi Tekrarları) Yöntemi
17.3.5 ISSR (Inter Simple Sequence Repeats = Aradaki Basit Dizi Tekrarları) Yöntemi
17.3.6 SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism = Dizi İle İlişkili Çoğaltılan Polimorfizm) Yöntemi
17.3.7 SNP (Single Nucleotide Polymorphism = Tek Nukleotid Farklılığı) Yöntemi
17.3.8 DNA Baz Sırası Belirleme Yöntemi
17.3.9 Moleküler Markörler (Belirleyiciler, İşaretler) İleGenetik Karakterizasyon ve Soyağaçlarının Elde Edilmesi
Kaynaklar
EK 1: Genetiği Değiştirilmiş Organizma (GDO)
Elde Edilmesi Sırasında Organizmaya Aktarılan Gen, Genin Kökeni ve Fonksiyonu
EK 1’İN Kaynakları
İndeks
